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掲載日：2025年12月2日
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埼玉県協定締結医療機関施設・設備整備事業補助金
お知らせ
- （2025年12月16日）令和6年度分消費税仕入控除税額報告書の受付を開始しました。（期限R8.6.30）
- （2025年12月 2日）令和7年度交付申請書の受付を締め切りました。順次、令和7年度交付決定通知書を送付しています。
- （2025年11月28日）令和7年度実積報告書の受付を開始しました。（期限R8.3.31）
- （2025年11月11日）実施要項及び交付要綱を改正しました。Q&Aを更新しました。令和7年度交付申請の受付を開始しました。（期限R7.12.1）
- （2025年 4月11日）令和7年度事業計画書の募集を締め切りました。
- （2025年 3月17日）令和7年度事業計画書の受付を開始しました。（期限R7.4.11）
- （2024年12月 9日）令和6年度実績報告書の受付を開始しました。（期限R7.3.31）
- （2024年12月 9日）順次、令和6年度交付決定通知書を送付しています。
- （2024年10月25日）令和6年度交付申請の受付を締め切りました。
- （2024年 9月25日）実施要項及び交付要綱を制定しました。Q&Aを更新しました。交付申請の受付を開始しました。
- （2024年 7月10日）実施要綱（案）及び交付要綱（案）を公開しました。
- （2024年 5月 2日）令和6年度事業計画書の募集を締め切りました。
- （2024年 4月22日）Q&Aを更新しました。
- （2024年 4月10日）令和6年度事業計画書の受付を開始しました。
- （2024年 4月10日）ページを公開しました。
目次
- 事業の概要
・目的
・補助対象事業者と補助対象事業
・補助基準額
・補助対象期間
・事業（補助金）の流れ - 補助金申請の手続について
・事業計画書の提出
・交付申請書の提出
・実績報告書の提出
・補助金の交付について - 消費税仕入控除税額の報告
- 要綱及びQ&A
事業の概要
目的
感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（以下「法」という。）に基づき、県と医療措置協定を締結する医療機関の新興感染症への対応力を強化することにより、今後の新興感染症の発生時に速やかに対応できる医療提供体制を構築することを目的としています。
法に基づく医療措置協定については、感染症法に基づく医療措置協定についてのページをご覧ください。
補助対象事業者と対象経費
|
措置協定 |
補助対象事業者 | 補助対象 | ||||
| 病院 | 有床診療所 | 無床診療所 | 薬局 | 訪問看護事業所 | ||
| 病床の確保を内容とする協定 （法第36条の2第1項第1号） を締結する場合 |
〇 | 〇 |
1施設整備 2設備整備 |
|||
| 発熱外来を内容とする協定 （法第36条の2第1項第2号） を締結する場合 |
〇 | 〇 | 〇 |
1施設整備 2設備整備 |
||
| 自宅療養者への医療の提供を内容とする協定 （法第36条の2第1項第3号） を締結する場合 |
〇 | 〇 | 〇 | 〇 | 〇 | 1施設整備 （3）個人防護具保管施設の整備 ※ |
※個人防護具保管施設に係る補助を申請する場合は、締結する協定に個人防護具の備蓄に関する条項が含まれることが必要になります。
補助基準額
令和7年度基準額
| 補助対象経費 | 基準額 | 補助率 | |
| 1 施設整備事業 | （1）病室の感染対策に係る整備 病床確保に係る協定締結医療機関として必要な個室整備等に要する工事費又は工事請負費 （専用の陰圧装置、空調設備、トイレ、バス等の付属設備の整備を含む。） |
（1）1室当たり29,420,000円 | 3分の2 （3分の1自己負担あり） |
| （2）病棟等の感染対策に係る整備 病床確保に係る協定締結医療機関として必要な多床室を個室化するための可動式パーテーションの設置、病棟の入り口の扉の設置、病棟のゾーニングを行うための改修等に要する工事費又は工事請負費 |
（2）対象面積1㎡当たり484,000円 | 10分の10 | |
| （3）個人防護具保管施設の整備 病床確保、発熱外来、又は自宅療養者等への医療の提供に係る協定締結医療機関として必要な個人防護具保管庫の設置等に要する工事費又は工事請負費 |
（3）対象面積1㎡当たり484,000円 | 10分の10 | |
|
2 設備整備事業 |
（1）簡易陰圧装置 （2）検査機器 （3）簡易ベッド （4）HEPAフィルター付き空気清浄機（陰圧対応可能なものに限る。） 病床確保、発熱外来に係る協定締結医療機関として必要な上記の購入費 |
（1）1病床当たり4,320,000円 （2）1台当たり9,350,000円 （3）1台当たり51,400円 （4）1施設当たり905,000円 |
10分の10 |
補助対象期間
令和6年度事業：令和6年4月1日から令和7年3月31日
令和7年度事業：令和7年4月1日から令和8年3月31日
ただし、内示前に着手（契約含む）をしたものは補助対象外です。
また、工事完了報告書又は納品書及び支払明細書を添付した実績報告書を令和8年1月末までに事業を完結し、補助事業実施年度中に提出していただきます。事業の完結が1月末以降となる場合は、県まで御相談ください。
翌年度以降に繰り越す可能性のある整備等は対象外となります。
事業（補助金）の流れ
| 手続等 | 対象 | 時期 |
| 事業計画書の作成・提出 | （医療機関→県） | （令和7年度分）終了 |
| 交付予定額の内示 | （県→医療機関） | （令和7年度分）終了 |
| 交付申請書の作成・提出 | （医療機関→県） | （令和7年度分）令和7年11月11日~令和7年12月1日まで |
| 交付決定通知 | （県→医療機関） | （令和7年度分）令和7年11月から順次 |
| 実績報告書の作成・提出 | （医療機関→県） | （令和7年度分） 事業終了後～令和8年1月末 1月末までに完了しない場合は、事業完了後30日以内又は令和8年3月31日（火曜日）の いずれか早い日まで |
| 請求書の提出 | （医療機関→県） | 個別にご案内します。 |
| 補助金の交付（概算払い又は精算払い） | （県→医療機関） |
（令和7年度分）～令和8年3月末（予定） |
| 消費税仕入控除税額の報告 | （医療機関→県） |
事業完了日の属する年度の翌々年度6月30日まで |
補助金申請の手続について
事業計画書の提出
令和7年度事業計画書の募集は締め切りました。
協定締結医療機関施設・設備整備事業費補助金の申請にあたり、事業計画書の提出を受け付けます。
下記、必要様式に必要事項を記入して期限までにご提出ください。（Q&Aも御確認ください。）
なお、当該年度に医療措置協定を締結予定であれば事業計画書は提出することができます。
※補助金交付に係る重要な手続きですので、補助事業を希望している場合は、必ず期限までにご提出ください。
※ご提出いただいた事業計画に対して、必ずしも補助を確約するものではありません。
ア 提出書類
※実施する事業によって作成する事業計画書が異なりますのでご注意ください。
| 補助事業 | 補助対象 | 提出書類 |
|
1 施設整備事業 |
（1）病室の感染対策に係る整備 |
・（施設整備）事業計画書、事業費内訳書（ZIP：197KB） |
|
2 設備整備事業 |
（1）簡易陰圧装置 （2）検査機器 （3）簡易ベッド （4）HEPAフィルター付き空気清浄機 （陰圧対応可能なものに限る） |
・（設備整備）事業計画書（ZIP：45KB） |
イ 提出方法
ウ 提出期限
令和7年度の事業計画書の受付は締め切りました。
エ 備考
・事業計画書の提出が完了した時点で、連絡用に入力していただいたメールアドレス宛てに【申込完了通知メール】が送付されます。
・【申込完了通知メール】には、申込状況の確認や、申込内容の修正の際に必要となる「整理番号」「パスワード」「URL」が記載されています。削除しないよう保管してください。
※申込内容の修正依頼についても、県電子申請・届出サービスからメールでお知らせしますので、ご対応をお願いします。
・ご提出いただいた事業計画書の審査が完了した際には「事業計画書の受理について」という件名のメールを送付します。
・重複して申込むことはできません。申込内容を修正する場合には、【申込完了通知メール】に記載のURLから申込状況照会ページにアクセスし、修正してください。
・事業計画書を取下げる場合には、【申込完了通知メール】に記載のURLから申込状況照会ページにアクセスし、取下げ手続をしてください。
交付申請書の提出
ア 提出書類 ※実施する事業によって提出書類が異なりますのでご注意ください。
| 補助事業 | 補助対象 | 提出書類 |
| 1 施設整備事業 |
（1）病室の感染対策に係る整備 |
・施設整備事業申請様式（エクセル：304KB） |
| 2 設備整備事業 |
（1）簡易陰圧装置 |
・設備整備事業申請様式（エクセル：712KB） |
イ 提出方法
ウ 提出期限
令和7年度の交付申請書の受付は締め切りました。
エ 備考
・交付申請書の提出が完了した時点で、連絡用に入力していただいたメールアドレス宛てに【申込完了通知メール】が送付されます。
・【申込完了通知メール】には、申込状況の確認や、申込内容の修正の際に必要となる「整理番号」「パスワード」「URL」が記載されています。削除しないよう保管してください。
※申込内容の修正依頼についても、メールでお知らせしますので、ご対応をお願いします。
・ご提出いただいた交付申請書の審査が完了した際には「交付申請の受理について」という件名のメールを送付します。
・重複して申込むことはできません。申込内容を修正する場合には、【申込完了通知メール】に記載のURLから申込状況照会ページにアクセスし、修正してください。
実績報告書の提出
ア 提出書類 ※実施する事業によって提出書類が異なりますのでご注意ください。
| 補助事業 | 補助対象 | 提出書類 |
| 1 施設整備事業 |
（1）病室の感染対策に係る整備 |
・施設整備事業申請様式（交付申請時に使用したエクセルを使用してください。） |
| 2 設備整備事業 |
（1）簡易陰圧装置 |
・設備整備事業申請様式（交付申請時に使用したエクセルを使用してください。） |
イ 提出方法
下記URLの県電子申請・届出サービスで提出してください。
（埼玉県電子申請・届出サービス）
https://apply.e-tumo.jp/pref-saitama-u/offer/offerList_detail?tempSeq=106695
※2つの事業とも申請をする場合は、1つずつ電子申請サービスで提出をしてください。
※必ず上記URLからアクセスしてください。
※提出ファイルはzipファイルにまとめて提出してください。
※電子申請・届出サービスの手続説明等をよくお読みいただいた上で、手続きしてください。
ウ 提出期限
事業完了後30日以内又は令和8年3月31日（火）のいずれかの早い日（※）【厳守】
（※）事業を完了した場合は、提出期限を待たずに速やかに提出してください。
補助金の交付について
概算払いについては、交付決定後、対象の医療機関へ個別にご案内させていただいています。
精算払いについては、額の確定後、対象の医療機関へ個別にご案内させていただいています。
消費税仕入控除税額の報告について
消費税及び地方消費税の申告により補助金に係る消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額が確定した場合（仕入控除税額が0円の場合を含む。）は、様式第5号及び要返還相当額計算書(報告様式2号)を作成いただき、速やかに県に報告してください。
仕入控除税額の報告に基づき返還額が確定した場合は、後日県から納付書を送付いたしますので、指定された金融機関等で納付していただきます。
ア 提出対象者
本補助金の交付を受けたすべての事業者が対象になります。
イ 提出書類
提出書類は消費税の申告方式や仕入控除税額の計算方法等によって異なります。
次のフローチャートを確認の上、経理担当者や税理士と提出書類の準備を行ってください。
フローチャート及び提出書類（PDF：219KB）
| 書類の種類 | 提出の有無の条件 | 書類説明 |
| 様式第5号 | 全事業者の提出必須 |
補助対象経費が1つの課税期間で経理処理されている場合 |
|
報告様式2号 |
||
| 消費税の確定申告書の写し （第1表 【第3-(3)号様式、 または第27-(2)号様式】） |
補助対象経費を計上した事業年度に |
仕入控除の内訳を確認する資料になります。 |
| 特定収入計算書 | 公益法人等であり、かつ特定収入割合が 5％を超える事業者（Dに該当） |
特定収入の割合を計算する資料になります。 消費税法別表第三に掲載される法人であり、特定収入計算書で特定収入割合が 5％を超える場合に提出してください |
| その他書類 （決算書、総勘定元帳など） |
なんらかの理由で補助対象経費に関して 仕入控除税額が生じない場合（Eに該当） |
上記以外で仕入控除税額の算出等に活用された資料になります。 |
※1 格納されている様式第5号（ワードファイル）及び報告様式2（エクセルファイル）は補助金交付を受けた事業ごとに作成し、提出してください。
※2 簡易課税方式（B）を選択されている事業者は、2課税期間の場合でも課税方式に変更がなければ、1課税期間分の要返還相当額計算書の提出で構いません（消費税申告書の写しは2課税期間分が必要）。
ウ 提出期限
令和6年度分消費税仕入控除税額報告書の提出期限は令和8年6月30日（火）必着になります。
提出期限までに報告ができない場合は、令和8年5月31日（日）までにその旨電子メールにて報告してください。
エ 提出先
a7500-10@pref.saitama.lg.jp（交付申請書や実績報告書等の提出先と異なりますのでご注意ください。）
埼玉県保健医療部感染症対策課 検査担当あて
メールのタイトルは必ず「【消費税報告（R6協定締結）】〇〇病院」としてください。
要綱及びQ&A
【県】
- 埼玉県協定締結医療機関施設・設備整備事業実施要綱（R7.11.11更新）（PDF：79KB）
- 埼玉県協定医療機関施設整備事業補助金交付要綱（R7.11.11更新）（PDF：210KB）
- 埼玉県協定医療機関設備整備事業補助金交付要綱（R7.11.11更新）（PDF：128KB）
- 埼玉県協定締結医療機関施設・設備整備事業Q&A（R7.11.11更新）（PDF：159KB）
【国】
- 新興感染症対応力強化事業実施要綱(R7.11.11更新）（PDF：84KB）
- 医療施設等施設整備費補助金交付要綱(R7.11.11更新）（PDF：450KB）
- 医療施設等設備整備費補助金交付要綱(R7.11.11更新）（PDF：461KB）